केन्द्रीय विद्यालयसंगठनके प्रमुख चार मिशन इस प्रकार है -

• केन्द्रीय सरकार के स्थानांतरणीय कर्मचारियों जिनमें रक्षा तथा अर्धसैनिक बलों के कर्मी भी शामिल हैं , के बच्चों को शिक्षा के सामान्य कार्यक्रम के तहत शिक्षा प्रदान कर उनकी शैक्षिक अवश्यकताओं को पूरा करना ।
• विद्यालयी शिक्षा के क्षेत्र में श्रेष्ठता और गति निर्धारित करना ।
• केन्द्रीय माध्यमिक शिक्षा बोर्ड (सी.बी.एस.सी.) राष्ट्रीय शैक्षिक अनुसंधान एवं प्रशिक्षण परिषद् (एन.सी.ई.आर.टी.) इत्यादि जैसे अन्य निकायों के सहयोग से शिक्षा के क्षेत्र में नए-नए प्रयोग तथा नवाचार को सम्मिलित करना ।
• बच्चों में राष्ट्रीय एकता और भारतीयता की भावना का विकास करना ।